Fakultas Pertanian Unhas memiliki pengalaman yang cukup panjang di bidang kerjasama, khususnya kerjasama pnelitian, baik dengan instansi dalam negeri (lokal, regional, dan nasional) maupun luar negeri. Di tingkat lokal Fakultas telah menjalin kerjasama penelitian dengan semua kabupaten/kota di Provinsi Sulawesi Selatan dan Sulawesi Barat. Di tingkat regional dengan provinsi di-provinsi di Kawasan Timur Indonesia, dan di Tingkat nasional dengan beberpa kementerian, seperti Kementerian Pertanian, PU, Lingkungan Hidup, Kehutanan, dan beberapa badan/lembaga seperti BATAN, BIG, dan BPN.
Sedangkan di tingkat internasional, Fakultas Pertanian memeiliki beberapa mitra kerjasama, baik penelitian maupun pendidikan dan pengajaran (visiting lecturer, distance lecturing, student exchange, dll). Berikut ini beberapa lembaga asing mitra Fakultas Pertanian 5 tahun terakhir:
- Australia: ACIAR, Sydney University
- Austria: IAEA (International Atomic Energy) dan Universiteit fuer Bodenkultur-Vienna
- Jepang: JICA, RIHN (Research Institute for Humanity Nature), JIRCAS (Japan International Research Center for Agricultural Science), Tokyo University, Kyoto University, Ehime University (SUIJI Consortium), Ryukoku Univ, Iwate University,Tsukuba University, Mie University,Yamanashi University, Osaka University
- Amerika Serikat: Alabama Agriculture And Machinery University-USA dan University of Maryland-USA.
- Israel: Volcani Research Center
- Belanda: Wageningen University, The Netherland.
- Papua Nugini: PNG-Department of Livestock and Agriculture